Kota ini membutuhkan pahlawan. Darkness telah menetap di New York City karena Shredder dan Foot Clan-nya yang jahat memiliki pegangan besi dalam segala hal mulai dari polisi hingga politisi. Masa depan suram sampai empat bersaudara yang keluar dari selokan dan menemukan nasib mereka sebagai Teenage Mutant Ninja Turtles. Turtles harus bekerja dengan reporter tak kenal takut April dan kameramennya yang bijaksana, Vern Fenwick untuk menyelamatkan kota dan mengungkap rencana jahat Shredder.

Setelah supervillain Shredder lolos dari tahanan, ia bergabung dengan ilmuwan gila Baxter Stockman dan dua antek bodoh, Bebop dan Rocksteady, untuk melepaskan rencana jahat untuk mengambil alih dunia. Ketika Turtles bersiap untuk menghadapi Shredder dan kru barunya, mereka menemukan diri mereka menghadapi kejahatan yang bahkan lebih besar dengan niat yang sama: Krang yang terkenal kejam.