Ada masalah dalam pembuatan bir di Bikini Bottom. Seseorang telah mencuri mahkota Raja Neptunus, dan sepertinya Tuan Krab, bos SpongeBob, adalah biang keladinya. Meskipun dia baru saja dilewati untuk mempromosikan mimpinya, SpongeBob berdiri di samping bosnya, dan bersama sahabatnya Patrick, berangkat pada misi berbahaya ke Shell City untuk merebut kembali mahkota dan menyelamatkan hidup Mr. Krab.

Burger Beard adalah bajak laut yang mencari halaman terakhir sebuah buku ajaib yang membuat rencana jahat yang ditulisnya menjadi kenyataan, yang kebetulan adalah formula rahasia Krabby Patty. Ketika seluruh kota Bikini Bottom berada dalam bahaya, SpongeBob, Patrick, Mr. Krabs, Squidward, Sandy, dan Plankton perlu melakukan pencarian yang membawa mereka ke permukaan. Untuk mendapatkan kembali resep dan menyelamatkan kota mereka, geng harus mengambil buku itu dan mengubah diri mereka menjadi pahlawan super.

Setelah siput kesayangan SpongeBob, Gary, tidur siang dengan siput, ia dan Patrick memulai petualangan epik ke Kota Hilang di Atlantic City untuk membawa Gary pulang.

Seorang kepala polisi membawa seorang anak kecil yang dia temukan di dekat lokasi kecelakaan misterius yang tidak memiliki ingatan tentang apa yang telah terjadi. Investigasi menariknya ke konspirasi yang lebih besar dari yang pernah dia bayangkan, dan identitas anak adalah pusat dari semua itu.